เทศบาลตำบลกกกุง ได้กำหนดแบ่งส่วนราชการออกเป็น 3 ส่วน ดังนี้
1. สำนักปลัดเทศบาล ประกอบด้วยงานด้านต่าง ๆ ดังนี้
1.1 งานบริหารทั่วไป
1.2 งานนโยบายและแผน
1.3 งานกฎหมายและคดี
1.4 งานป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย
1.5 กิจการสภา
1.6 งานสาธารณสุขและิสิ่งแวดล้อม
1.7 งานการศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรม
1.8 งานส่งเสริมการเกษตร
2. กองคลัง ประกอบด้วยงานด้านต่าง ๆ ดังนี้
2.1 งานการเงิน
2.2 งานบัญชี
2.3 งานพัฒนาและจัดเก็บรายได้
2.4 งานทะเบียนทรัพย์สินและพัสดุ
3. กองช่าง ประกอบด้วยงานด้านต่าง ๆ ดังนี้
3.1 งานก่อสร้าง
3.2 งานออกแบบและควบคุมอาคาร
3.3 งานประสานธารณูปโภค
3.4 งานผังเมือง
4. หน่วยตรวจสอบภายใน
4. หน่วยตรวจสอบภายใน ประกอบด้วยงานด้านต่าง ๆ ดังนี้
4.1 งานที่ตรวจสอบการปฏิบัติงานของหน่วยงานต่าง ๆ